|
|
Line 4: |
Line 4: |
| | | |
| = Script = | | = Script = |
− |
| |
− | {| class="wikitable"
| |
− | ! % Model
| |
− | script
| |
− |
| |
− | function dydt = Model(t, y)
| |
− | %% Units
| |
− | of the model
| |
− |
| |
− | % time =
| |
− | min
| |
− | %
| |
− | quantity = mmol
| |
− | % volume
| |
− | = L
| |
− |
| |
− | %%
| |
− | Section 1: Parameters (Fixed)
| |
− |
| |
− | global LAT KfR1 c c2 AADT AAHL
| |
− | ABCdG TEMP R ATP ADP c3 c4 COX2DT COX2HL
| |
− |
| |
− | KfR1= 0.1;
| |
− | LAT=0;
| |
− | AAHL=420; %AA Half
| |
− | life
| |
− | AADT=420; %AA
| |
− | Doubling Time
| |
− | ABCdG=-50000; %Gibbs
| |
− | free energy of ABC transporter
| |
− | TEMP=310; %Kelvin
| |
− | R=8.314;
| |
− | ATP=0.00274;
| |
− | ADP=0.00134;
| |
− | COX2DT =180;
| |
− | COX2HL=1;
| |
− |
| |
− | %%
| |
− | Section 2: Metabolite number
| |
− |
| |
− | % BAA =
| |
− | y(1)
| |
− | % AA =
| |
− | y(2)
| |
− | % PGH2 =
| |
− | y(3)
| |
− | % PGF2A
| |
− | = y(4)
| |
− | % TXA2 =
| |
− | y(5)
| |
− | % PGI2 =
| |
− | y(6)
| |
− | % TXB2 =
| |
− | y(7)
| |
− | %
| |
− | 6-Keto-PGF1A = y(8)
| |
− | % PGJ2 =
| |
− | y(9)
| |
− | % PGD2 =
| |
− | y(10)
| |
− | %
| |
− | 15-DEOXY-PGJ2 = y(11)
| |
− | % PGE2 =
| |
− | y(12)
| |
− | %
| |
− | 5-HPETE = y(13)
| |
− | % 5-HETE
| |
− | =y(14)
| |
− | % LTA4 =
| |
− | y(15)
| |
− | %
| |
− | 5-OXO-ETE = y(16)
| |
− | % LTB4 =
| |
− | y(17)
| |
− | % LTC4 =
| |
− | y(18)
| |
− | %
| |
− | 15-HPETE = y(19)
| |
− | %
| |
− | 15-HETE = y(20)
| |
− | %
| |
− | 12-HPETE = y(21)
| |
− | %
| |
− | 12-HETE = y(22)
| |
− | %
| |
− | exPGF2A = y(23)
| |
− | % exTXB2
| |
− | = y(24)
| |
− | %
| |
− | ex6-KETO-PGF1A = y(25)
| |
− | % exPGE2
| |
− | = y(26)
| |
− | %
| |
− | ex15-DEOXY-PGJ2 = y(27)
| |
− | %
| |
− | ex5-OXO-ETE = y(28)
| |
− | %
| |
− | ex15-HETE =y(29)
| |
− | % exLTB4
| |
− | = y(30)
| |
− | % exLTC4
| |
− | = y(31)
| |
− | %
| |
− | exHETE12 = y(32)
| |
− | % exTXA2
| |
− | = y(33)
| |
− | % exPGI2
| |
− | = y(34)
| |
− | % exPGH2
| |
− | = y(35)
| |
− | % exPGD2
| |
− | = y(36)
| |
− | % exPGJ2
| |
− | = y(37)
| |
− | %
| |
− | ex12-HPETE = y(38)
| |
− | %
| |
− | ex15-HPETE = y(39)
| |
− | %
| |
− | ex5-HPETE = y(40)
| |
− | %
| |
− | ex5-HETE = y(41)
| |
− | % exLTA4
| |
− | = y(42)
| |
− | % exAA =
| |
− | y(43)
| |
− | %
| |
− | 15-KETO-PGE2 = y(44)
| |
− | %
| |
− | ex15-KETO-PGE2 = y(45)
| |
− | %
| |
− | 13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 = y(46)
| |
− | %
| |
− | ex13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 = y(47)
| |
− | % COX2 =
| |
− | y(48)
| |
− | %
| |
− | Mischellanous species = y(49)
| |
− |
| |
− | %%
| |
− | Section 3: Assignment of parameters as global values
| |
− |
| |
− | %INTRACELLULAR
| |
− | REACTION Parameters
| |
− | global KmsR1 KmpR1 PLA2Kcat
| |
− | KeqR1 %R1 Parameters
| |
− | global KmsR2 KmpR2 COX2Kcat
| |
− | KeqR2 %R2 Parameters
| |
− | global KmsR3 KmpR3 PGFSKcat
| |
− | KeqR3 %R3 Parameters
| |
− | global KmsR4 KmpR4 TXASKcat
| |
− | KeqR4 %R4 Parameters
| |
− | global KmsR5 KmpR5 PGISKcat
| |
− | KeqR5 %R5 Parameters
| |
− | global KfR6 KrR6 %R6
| |
− | Parameters
| |
− | global KfR7 KrR7 %R7
| |
− | Parameters
| |
− | global KfR8 KrR8 %R8
| |
− | Parameters
| |
− | global KfR9 KrR9 %R9
| |
− | Parameters
| |
− | global KmsR10 KmpR10 PGESKcat
| |
− | KeqR10 %R10 Parameters
| |
− | global KmsR11 KmpR11 LOX5Kcat
| |
− | KeqR11 %R11 Parameters
| |
− | global KmsR12 KmpR12
| |
− | PHGPxKcatR12 KeqR12 %R12 Parameters
| |
− | global KmsR13 KmpR13
| |
− | LOX5FLAPKcat KeqR13 %R13 Parameters
| |
− | global KmsR14 KmpR14 HEDH5Kcat
| |
− | KeqR14 %R14 Parameters
| |
− | global KmsR15 KmpR15 LTA4HKcat
| |
− | KeqR15 %R15 Parameters
| |
− | global KmsR16 KmpR16 LTC4SKcat
| |
− | KeqR16 %R16 Parameters
| |
− | global KmsR17 KmpR17 LOX15Kcat
| |
− | KeqR17 %R17 Parameters
| |
− | global KmsR19 KmpR19 LOX12Kcat
| |
− | KeqR19 %R19 Parameters
| |
− | global KmsR21 KmpR21 PGDSKcat
| |
− | KeqR21 %R21 Parameters
| |
− | global KmsR65 KmpR65 COX1Kcat
| |
− | KeqR65 %R65 Parameters
| |
− | global KmsR66 KmpR66 PGDH15Kcat
| |
− | KeqR66 %R66 Parameters
| |
− | global KmsR69 KmpR69 PTGR2Kcat
| |
− | KeqR69 %R69 Parameters
| |
− | global KmsR100 KmpR100 LATKcat
| |
− | KeqR100 %R100 Parameters
| |
− |
| |
− | % Other
| |
− | reaction parameters
| |
− | global ABCKcat
| |
− | ABCKmR22 ABCKmR23 ABCKmR24 ABCKmR25 ABCKmR26 ABCKmR27 ABCKmR28 ABCKmR29 ABCKmR30 ABCKmR31 ABCKmR32 ABCKmR33 ABCKmR34 ABCKmR35 ABCKmR36 ABCKmR37 ABCKmR38 ABCKmR39 ABCKmR40 ABCKmR41 ABCKmR42 ABCKmR67 ABCKmR70 PGTKcat PGTKmR101 PGTKmR102
| |
− | PGTKmR103 PGTKmR104 PGTKmR105
| |
− | PGTKmR106 PGTKmR107 PGTKmR108
| |
− | PGTKmR109 PGTKmR110 PGTKmR111
| |
− | KfR44 KfR45 KfR46 KfR47 KfR48 KfR49 KfR50 KfR51 KfR52 KfR53 KfR54
| |
− | KfR55 KfR56 KfR57 KfR58 KfR59 KfR60 KfR61 KfR62 KfR63 KfR64 KfR68 KfR71 ABCVmax ABCKeq PGDH15 ABC COX1 HEDH5
| |
− | LOX12 LOX15 LOX5
| |
− | LTA4H LTC4S PGDS
| |
− | PGES PGFS PGIS
| |
− | PGT PHGPX PLA2 PTGR2
| |
− | TXAS
| |
− |
| |
− |
| |
− | %%
| |
− | Section 4: Reaction rate laws
| |
− |
| |
− | %R1(PLA2)
| |
− | - Turned off
| |
− | %BAA
| |
− | y(1) <-> AA y(2)
| |
− | %
| |
− | r1=(PLA2Kcat*PLA2*(y(1)-(y(2)/KeqR1)))/((KmsR1*(1+(y(2)/KmpR1)))+y(1));
| |
− | r1=(KfR1*y(1));
| |
− |
| |
− | %R2(COX2)y(48)
| |
− | %AA
| |
− | y(2) <-> PGH2 y(3)
| |
− | r2=(COX2Kcat*y(48)*(y(2)-(y(3)/KeqR2)))/((KmsR2*(1+(y(3)/KmpR2)))+y(2));
| |
− |
| |
− | %R3(PGFS)
| |
− | % PGH2
| |
− | y(3) <-> PGF2A y(4)
| |
− | r3= (PGFSKcat*PGFS*(y(3)
| |
− | -(y(4)/KeqR3)))/((KmsR3*(1+(y(4)/KmpR3)))+y(3));
| |
− |
| |
− | %R4(TXAS)
| |
− | % PGH2
| |
− | y(3)<-> TXA2 y(5)
| |
− | r4= (TXASKcat*TXAS*(y(3)
| |
− | -(y(5)/KeqR4)))/((KmsR4*(1+(y(5)/KmpR4)))+y(3));
| |
− |
| |
− | %R5(PGIS)
| |
− | % PGH2
| |
− | y(3)<-> PGI2 y(6)
| |
− | r5= (PGISKcat*PGIS*(y(3) -(y(6)/KeqR5)))/((KmsR5*(1+(y(6)/KmpR5)))+y(3));
| |
− |
| |
− | % R6
| |
− | % TXA2
| |
− | y(5) <-> TXB2 y(7)
| |
− | r6=(KfR6*y(5))-(KrR6*y(7));
| |
− |
| |
− | % R7
| |
− | % PGI2
| |
− | y(6)<-> 6-Keto-PGF1A y(8)
| |
− | r7=
| |
− | (KfR7*y(6))-(KrR7*y(8));
| |
− |
| |
− | % R8
| |
− | % PGD2
| |
− | y(10) <-> PGJ2 y(9)
| |
− | r8=
| |
− | (KfR8*y(10))-(KrR8*y(9));
| |
− |
| |
− | % R9
| |
− | % PGJ2 y(9)<-> 15-DEOXY-PGJ2 y(11)
| |
− | r9=
| |
− | (KfR9*y(9))-(KrR9*y(11));
| |
− |
| |
− | %R10
| |
− | (PGES)
| |
− | % PGH2
| |
− | y(3)<-> PGE2 y(12)
| |
− | r10=
| |
− | (PGESKcat*PGES*(y(3)-(y(12)/KeqR10)))/((KmsR10*(1+(y(12)/KmpR10)))+y(3));
| |
− |
| |
− | % R11
| |
− | (LOX5)
| |
− | % AA
| |
− | y(2)<-> 5-HPETE y(13)
| |
− | r11= (LOX5Kcat*LOX5*(y(2)
| |
− | -(y(13)/KeqR11)))/((KmsR11*(1+(y(13)/KmpR11)))+y(2));
| |
− |
| |
− | % R12
| |
− | (PHGPX)
| |
− | %
| |
− | 5-HPETE y(13)<-> 5-HETE y(14)
| |
− | r12=
| |
− | (PHGPxKcatR12*PHGPX*(y(13)
| |
− | -(y(14)/KeqR12)))/((KmsR12*(1+(y(14)/KmpR12)))+y(13));
| |
− |
| |
− | % R13
| |
− | (LOX5FLAP)
| |
− | %
| |
− | 5-HPETE y(13) <-> LTA4 y(15)
| |
− | r13=
| |
− | (LOX5FLAPKcat*LOX5*(y(13)-(y(15)/KeqR13)))/((KmsR13*(1+(y(15)/KmpR13)))+y(13));
| |
− |
| |
− | % R14
| |
− | (HEDH5)
| |
− | % 5-HETE
| |
− | y(14) <-> 5-OXO-ETE y(16)
| |
− | r14=
| |
− | (HEDH5Kcat*HEDH5*(y(14)-(y(16)/KeqR14)))/((KmsR14*(1+(y(16)/KmpR14)))+y(14));
| |
− |
| |
− | % R15
| |
− | (LTA4H)
| |
− | % LTA4
| |
− | y(15) <-> LTB4 y(17)
| |
− | r15=
| |
− | (LTA4HKcat*LTA4H*(y(15)
| |
− | -(y(17)/KeqR15)))/((KmsR15*(1+(y(17)/KmpR15)))+y(15));
| |
− |
| |
− | % R16
| |
− | (LTC4S)
| |
− | % LTA4
| |
− | y(15)<-> LTC4 y(18)
| |
− | r16=
| |
− | (LTC4SKcat*LTC4S*(y(15)
| |
− | -(y(18)/KeqR16)))/((KmsR16*(1+(y(18)/KmpR16)))+y(15));
| |
− |
| |
− | % R17
| |
− | (LOX15)
| |
− | % AA
| |
− | y(2)<-> 15-HPETE y(19)
| |
− | r17=
| |
− | (LOX15Kcat*LOX15*(y(2) -(y(19)/KeqR17)))/((KmsR17*(1+(y(19)/KmpR17)))+y(2));
| |
− |
| |
− | % R18
| |
− | (PHGPX)
| |
− | %
| |
− | 15-HPETE y(19)<-> 15-HETE y(20)
| |
− | r18=
| |
− | (PHGPxKcatR12*PHGPX*(y(19)
| |
− | -(y(20)/KeqR12)))/((KmsR12*(1+(y(20)/KmpR12)))+y(19));
| |
− |
| |
− | % R19
| |
− | (LOX12)
| |
− | % AA y(2)<->
| |
− | 12-HPETE y(21)
| |
− | r19=
| |
− | (LOX12Kcat*LOX12*(y(2) -(y(21)/KeqR19)))/((KmsR19*(1+(y(21)/KmpR19)))+y(2));
| |
− |
| |
− | % R20
| |
− | (PHGPX)
| |
− | %
| |
− | 12-HPETE y(21)<-> 12-HETE y(22)
| |
− | r20=
| |
− | (PHGPxKcatR12*PHGPX*(y(21) -(y(22)/KeqR12)))/((KmsR12*(1+(y(22)/KmpR12)))+y(21));
| |
− |
| |
− | % R21
| |
− | (PGDS)
| |
− | % PGH2
| |
− | y(3)<-> PGD2 y(10)
| |
− | r21= (PGDSKcat*PGDS*(y(3)
| |
− | -(y(10)/KeqR21)))/((KmsR21*(1+(y(10)/KmpR21)))+y(3));
| |
− |
| |
− | % R22
| |
− | (ABC)
| |
− | % PGF2A
| |
− | y(4) <-> exPGF2A y(23)
| |
− | r22=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(4)/ABCKmR22)*(1-((y(23)/(y(4)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(4)/ABCKmR22)+(y(23)/ABCKmR22)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R23
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | TXB2 y(7)<-> exTXB2 y(24)
| |
− | r23=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(7)/ABCKmR23)*(1-((y(24)/(y(7)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(7)/ABCKmR23)+(y(24)/ABCKmR23)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R24
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 6-KETO-PGF1A y(8)<-> ex6-KETO-PGF1A y(25)
| |
− | r24= ABC*ABCKcat*((y(8)/ABCKmR24)*(1-((y(25)/(y(8)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(8)/ABCKmR24)+(y(25)/ABCKmR24)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R25
| |
− | (ABC)
| |
− | % PGE2
| |
− | y(12)<-> exPGE2 y(26)
| |
− | r25=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(12)/ABCKmR25)*(1-((y(26)/(y(12)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(12)/ABCKmR25)+(y(26)/ABCKmR25)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− | %
| |
− | r25=(ABCVmax*(y(12)
| |
− | -(y(26)/ABCKeq)))/((ABCKmR25*(1+(y(26)/ABCKmR25)))+y(12));
| |
− |
| |
− | % R26
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 15-DEOXY-PGJ2 y(11)<-> ex15-DEOXY-PGJ2 y(27)
| |
− | r26=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(11)/ABCKmR26)*(1-((y(27)/(y(11)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(11)/ABCKmR26)+(y(27)/ABCKmR26)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R27
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 5-Oxo-ETE y(16)<-> ex5-OXO-ETE y(28)
| |
− | r27= ABC*ABCKcat*((y(16)/ABCKmR27)*(1-((y(28)/(y(16)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(16)/ABCKmR27)+(y(28)/ABCKmR27)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R28
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 15-HETE y(20)<-> ex15-HETE y(29)
| |
− | r28=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(20)/ABCKmR28)*(1-((y(29)/(y(20)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(20)/ABCKmR28)+(y(29)/ABCKmR28)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R29
| |
− | (ABC)
| |
− | % LTB4
| |
− | y(17)<-> exLTB4 y(30)
| |
− | r29=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(17)/ABCKmR29)*(1-((y(30)/(y(17)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(17)/ABCKmR29)+(y(30)/ABCKmR29)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R30
| |
− | (ABC)
| |
− | % LTC4
| |
− | y(18)<-> exLTC4 y(31)
| |
− | r30= ABC*ABCKcat*((y(18)/ABCKmR30)*(1-((y(31)/(y(18)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(18)/ABCKmR30)+(y(31)/ABCKmR30)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R31
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 12-HETE y(22)<-> ex12-HETE y(32)
| |
− | r31=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(22)/ABCKmR31)*(1-((y(32)/(y(22)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(22)/ABCKmR31)+(y(32)/ABCKmR31)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R32
| |
− | (ABC)
| |
− | % TXA2
| |
− | y(5)<-> exTXA2 y(33)
| |
− | r32=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(5)/ABCKmR32)*(1-((y(33)/(y(5)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(5)/ABCKmR32)+(y(33)/ABCKmR32)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R33
| |
− | (ABC)
| |
− | % PGI2
| |
− | y(6)<-> exPGI2 y(34)
| |
− | r33=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(6)/ABCKmR33)*(1-((y(34)/(y(6)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(6)/ABCKmR33)+(y(34)/ABCKmR33)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R34
| |
− | (ABC)
| |
− | % PGH2
| |
− | y(3)<-> exPGH2 y(35)
| |
− | r34=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(3)/ABCKmR34)*(1-((y(35)/(y(3)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(3)/ABCKmR34)+(y(35)/ABCKmR34)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R35
| |
− | (ABC)
| |
− | % PGD2
| |
− | y(10)<-> exPGD2 y(36)
| |
− | r35= ABC*ABCKcat*((y(10)/ABCKmR35)*(1-((y(36)/(y(10)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(10)/ABCKmR35)+(y(36)/ABCKmR35)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R36
| |
− | (ABC)
| |
− | % PGJ2
| |
− | y(9)<-> exPGJ2 y(37)
| |
− | r36= ABC*ABCKcat*((y(9)/ABCKmR36)*(1-((y(37)/(y(9)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(9)/ABCKmR36)+(y(37)/ABCKmR36)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R37
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 12-HPETE y(21) <-> ex12-HPETE y(38)
| |
− | r37=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(21)/ABCKmR37)*(1-((y(38)/(y(21)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(21)/ABCKmR37)+(y(38)/ABCKmR37)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R38
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 15-HPETE y(19) <-> ex15-HPETE
| |
− | y(39)
| |
− | r38=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(19)/ABCKmR38)*(1-((y(39)/(y(19)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(19)/ABCKmR38)+(y(39)/ABCKmR38)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R39
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 5-HPETE y(13)<-> ex5-HPETE y(40)
| |
− | r39=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(13)/ABCKmR39)*(1-((y(40)/(y(13)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(13)/ABCKmR39)+(y(40)/ABCKmR39)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R40
| |
− | (ABC)
| |
− | % 5-HETE
| |
− | y(14)<-> ex5-HETE y(41)
| |
− | r40= ABC*ABCKcat*((y(14)/ABCKmR40)*(1-((y(41)/(y(14)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(14)/ABCKmR40)+(y(41)/ABCKmR40)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R41
| |
− | (ABC)
| |
− | % LTA4
| |
− | y(15) <-> exLTA4 y(42)
| |
− | r41=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(15)/ABCKmR41)*(1-((y(42)/(y(15)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(15)/ABCKmR41)+(y(42)/ABCKmR41)+(y(2)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % R42
| |
− | (ABC)
| |
− | % AA
| |
− | y(2)<-> exAA y(43)
| |
− | r42 =
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(2)/ABCKmR42)*(1-((y(43)/(y(2)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(2)/ABCKmR42)+(y(43)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− | % NO R43
| |
− |
| |
− | % R44
| |
− | %
| |
− | exPGF2A y(23)-> Mischellanous species
| |
− | r44 = KfR44*y(23);
| |
− |
| |
− | % R45
| |
− | % exTXB2
| |
− | y(24)-> Mischellanous species
| |
− | r45= KfR45*y(24);
| |
− |
| |
− | % R46
| |
− | % exTXA2
| |
− | y(33)-> Mischellanous species
| |
− | r46= KfR46*y(33);
| |
− |
| |
− | % R47
| |
− | %
| |
− | ex6-KETO-PGF1A y(25)-> Mischellanous species
| |
− | r47= KfR47*y(25);
| |
− |
| |
− | % R48
| |
− | % exPGI2
| |
− | y(34)-> Mischellanous species
| |
− | r48= KfR48*y(34);
| |
− |
| |
− | % R49
| |
− | % exPGE2
| |
− | y(26)-> Mischellanous species
| |
− | r49= KfR49*y(26);
| |
− |
| |
− | % R50
| |
− | %
| |
− | ex15-DEOXY-PGJ2 y(27)-> Mischellanous species
| |
− | r50= KfR50*y(27);
| |
− |
| |
− | % R51
| |
− | % exPGJ2
| |
− | y(37)-> Mischellanous species
| |
− | r51= KfR51* y(37);
| |
− |
| |
− | % R52
| |
− | % exPGD2
| |
− | y(36)-> Mischellanous species
| |
− | r52= KfR52*y(36);
| |
− |
| |
− | % R53
| |
− | % exPGH2
| |
− | y(35)-> Mischellanous species
| |
− | r53= KfR53*y(35);
| |
− |
| |
− | % R54
| |
− | %
| |
− | ex-5-OXO-ETE y(28)-> Mischellanous species
| |
− | r54= KfR54*y(28);
| |
− |
| |
− | % R55
| |
− | %
| |
− | ex5-HETE y(41)-> Mischellanous species
| |
− | r55= KfR55*y(41);
| |
− |
| |
− | % R56
| |
− | % exLTB4
| |
− | y(30)-> Mischellanous species
| |
− | r56= KfR56*y(30);
| |
− |
| |
− | % R57
| |
− | % exLTC4
| |
− | y(31)-> Mischellanous species
| |
− | r57= KfR57*y(31);
| |
− |
| |
− | % R58
| |
− | % exLTA4
| |
− | y(42)-> Mischellanous species
| |
− | r58= KfR58*y(42);
| |
− |
| |
− | % R59
| |
− | %
| |
− | ex5-HPETE y(40)-> Mischellanous species
| |
− | r59 = KfR59*y(40);
| |
− |
| |
− | % R60
| |
− | %
| |
− | ex15-HETE y(29)-> Mischellanous species
| |
− | r60= KfR60*y(29);
| |
− |
| |
− | % R61
| |
− | %
| |
− | ex15-HPETE y(39)-> Mischellanous species
| |
− | r61= KfR61*y(39);
| |
− |
| |
− | % R62
| |
− | %
| |
− | ex12-HETE y(32)-> Mischellanous species
| |
− | r62= KfR62*y(32);
| |
− |
| |
− | % R63
| |
− | %
| |
− | ex12-HPETE y(38)-> Mischellanous species
| |
− | r63= KfR63*y(38);
| |
− |
| |
− | % R64
| |
− | % exAA
| |
− | y(43)-> Mischellanous species
| |
− | r64= KfR64*y(43);
| |
− |
| |
− | % R65
| |
− | % AA
| |
− | y(2)<-> PGH2 y(3) (COX1)
| |
− | r65=(COX1Kcat*COX1*(y(2)-(y(3)/KeqR65)))/((KmsR65*(1+(y(3)/KmpR65)))+y(2));
| |
− |
| |
− | % R66
| |
− | (PGDH15)
| |
− | % PGE2
| |
− | y(12)<-> 15-KETO-PGE2 y(44)
| |
− | r66=
| |
− | (PGDH15Kcat*PGDH15*(y(12) -(y(44)/KeqR66)))/((KmsR66*(1+(y(44)/KmpR66)))+y(12));
| |
− |
| |
− |
| |
− | % R67
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 15-KETO-PGE2 y(44) <-> ex15-KETO-PGE2 y(45)
| |
− | r67=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(44)/ABCKmR67)*(1-((y(45)/(y(44)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(44)/ABCKmR67)+(y(45)/ABCKmR67)+(y(21)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)+(y(46)/ABCKmR70)));
| |
− |
| |
− |
| |
− | % R68
| |
− | %
| |
− | ex15-KETO-PGE2 y(45)-> Mischellanous species
| |
− | r68= KfR68*y(45);
| |
− |
| |
− | % R69
| |
− | (PTGR2)
| |
− | %
| |
− | 15-KETO-PGE2 y(44) <-> 13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 y(46)
| |
− | r69=
| |
− | (PTGR2Kcat*PTGR2*(y(44)-(y(46)/KeqR69)))/((KmsR69*(1+(y(46)/KmpR69)))+y(44));
| |
− |
| |
− | % R70
| |
− | (ABC)
| |
− | %
| |
− | 13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 y(46)
| |
− | <-> ex13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 y(47)
| |
− | r70=
| |
− | ABC*ABCKcat*((y(46)/ABCKmR70)*(1-((y(47)/(y(46)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(46)/ABCKmR70)+(y(47)/ABCKmR70)+(y(21)/ABCKmR42)+(y(13)/ABCKmR39)+(y(21)/ABCKmR37)+(y(19)/ABCKmR38)+(y(3)/ABCKmR34)+(y(15)/ABCKmR41)+(y(14)/ABCKmR40)+(y(22)/ABCKmR31)+(y(20)/ABCKmR28)+(y(12)/ABCKmR25)+(y(10)/ABCKmR35)+(y(6)/ABCKmR33)+(y(5)/ABCKmR32)+(y(4)/ABCKmR22)+(y(18)/ABCKmR30)+(y(17)/ABCKmR29)+(y(16)/ABCKmR27)+(y(9)/ABCKmR36)+(y(44)/ABCKmR67)+(y(8)/ABCKmR24)+(y(7)/ABCKmR23)+(y(11)/ABCKmR26)));
| |
− |
| |
− | % R71
| |
− | %
| |
− | ex13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 y(47)-> Mischellanous species
| |
− | r71= KfR71*y(47);
| |
− |
| |
− | %
| |
− | INTRACELLULAR DECAY REACTIONS
| |
− |
| |
− | % R72
| |
− | % PGF2A
| |
− | y(4-> Mischellanous species
| |
− | r72 = KfR44*y(4);
| |
− |
| |
− | % R73
| |
− | % TXB2
| |
− | y(7-> Mischellanous species
| |
− | r73= KfR45*y(7);
| |
− |
| |
− | % R74
| |
− | % TXA2
| |
− | y(5)-> Mischellanous species
| |
− | r74= KfR46*y(5);
| |
− |
| |
− | % R75
| |
− | %
| |
− | 6-KETO-PGF1A y(8)-> Mischellanous species
| |
− | r75= KfR47*y(8);
| |
− |
| |
− | % R76
| |
− | % PGI2
| |
− | y(6)-> Mischellanous species
| |
− | r76= KfR48*y(6);
| |
− |
| |
− | % R77
| |
− | % PGE2
| |
− | y(12)-> Mischellanous species
| |
− | r77= KfR49*y(12);
| |
− |
| |
− | % R78
| |
− | %
| |
− | 15-DEOXY-PGJ2 y(11)-> Mischellanous species
| |
− | r78= KfR50*y(11);
| |
− |
| |
− | % R79
| |
− | % PGJ2
| |
− | y(9)-> Mischellanous species
| |
− | r79= KfR51* y(9);
| |
− |
| |
− | % R80
| |
− | % PGD2
| |
− | y(10)-> Mischellanous species
| |
− | r80= KfR52*y(10);
| |
− |
| |
− | % R81
| |
− | % PGH2
| |
− | y(3)-> Mischellanous species
| |
− | r81= KfR53*y(3);
| |
− |
| |
− | % R82
| |
− | %
| |
− | 5-OXO-ETE y(16)-> Mischellanous species
| |
− | r82= KfR54*y(16);
| |
− |
| |
− | % R83
| |
− | % 5-HETE
| |
− | y(14)-> Mischellanous species
| |
− | r83= KfR55*y(14);
| |
− |
| |
− | % R84
| |
− | % LTB4
| |
− | y(17)-> Mischellanous species
| |
− | r84= KfR56*y(17);
| |
− |
| |
− | % R85
| |
− | % LTC4
| |
− | y(18)-> Mischellanous species
| |
− | r85= KfR57*y(18);
| |
− |
| |
− | % R86
| |
− | % LTA4
| |
− | y(15)-> Mischellanous species
| |
− | r86= KfR58*y(15);
| |
− |
| |
− | % R87
| |
− | %
| |
− | 5-HPETE y(13)-> Mischellanous species
| |
− | r87 = KfR59*y(13);
| |
− |
| |
− | % R88
| |
− | %
| |
− | 15-HETE y(20)-> Mischellanous species
| |
− | r88= KfR60*y(20);
| |
− |
| |
− | % R89
| |
− | %
| |
− | 15-HPETE y(19)-> Mischellanous species
| |
− | r89= KfR61*y(19);
| |
− |
| |
− | % R90
| |
− | %
| |
− | 12-HETE y(22)-> Mischellanous
| |
− | species
| |
− | r90= KfR62*y(22);
| |
− |
| |
− | % R91
| |
− | %
| |
− | 12-HPETE y(21)-> Mischellanous species
| |
− | r91= KfR63*y(21);
| |
− |
| |
− | % R92
| |
− | % AA
| |
− | y(2)-> Mischellanous species
| |
− | r92= KfR64*y(2);
| |
− |
| |
− | % R93
| |
− | %
| |
− | 13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 y(46)-> Mischellanous species
| |
− | r93= KfR71*y(46);
| |
− |
| |
− | % R94
| |
− | %
| |
− | 15-KETO-PGE2 y(44)-> Mischellanous species
| |
− | r94= KfR68*y(44);
| |
− |
| |
− | % AA
| |
− | ACTIVATION
| |
− | % ->
| |
− | AA
| |
− | r95=
| |
− | (c/AADT)-((c2*log(2)*y(2))/AAHL);
| |
− |
| |
− | % R96
| |
− | % exTXA2
| |
− | y(33) <-> exTXB2 y(24)
| |
− | r96=(KfR6*y(33))-(KrR6*y(24));
| |
− |
| |
− | % R97
| |
− | % exPGI2
| |
− | y(34)<-> ex6-Keto-PGF1A y(25)
| |
− | r97=
| |
− | (KfR7*y(34))-(KrR7*y(25));
| |
− |
| |
− | % R98
| |
− | % exPGD2
| |
− | y(36) <-> exPGJ2 y(37)
| |
− | r98=
| |
− | (KfR8*y(36))-(KrR8*y(37));
| |
− |
| |
− | % R99
| |
− | %
| |
− | exPGJ2 y(37)<-> ex15-DEOXY-PGJ2
| |
− | y(27)
| |
− | r99= (KfR9*y(37))-(KrR9*y(27));
| |
− |
| |
− | %R100 -
| |
− | Turned off
| |
− | %AA y(2)
| |
− | <-> BAA y(1)
| |
− | r100=(LATKcat*LAT*(y(2)-(y(1)/KeqR100)))/((KmsR100*(1+(y(1)/KmpR100)))+y(2));
| |
− |
| |
− | % PGT
| |
− | Transporter
| |
− |
| |
− | % R101
| |
− | (PGT)
| |
− | % PGF2A
| |
− | y(4) <-> exPGF2A y(23)
| |
− | r101=PGT*PGTKcat*((y(4)/PGTKmR101)*(1-((y(23)/(y(4)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(4)/PGTKmR101)+(y(23)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(44)/PGTKmR108)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | % R102
| |
− | (PGT)
| |
− | % PGE2
| |
− | y(12)<-> exPGE2 y(26)
| |
− | r102=
| |
− | PGT*PGTKcat*((y(12)/PGTKmR102)*(1-((y(26)/(y(12)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(4)/PGTKmR102)+(y(23)/PGTKmR102)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(44)/PGTKmR108)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | % R103
| |
− | (PGT)
| |
− | % PGI2
| |
− | y(6)<-> exPGI2 y(34)
| |
− | r103= PGT*PGTKcat*((y(6)/PGTKmR103)*(1-((y(34)/(y(6)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(6)/PGTKmR103)+(y(34)/PGTKmR103)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(44)/PGTKmR108)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | % R104
| |
− | (PGT)
| |
− | % PGD2
| |
− | y(10)<-> exPGD2 y(36)
| |
− | r104=
| |
− | PGT*PGTKcat*((y(10)/PGTKmR104)*(1-((y(36)/(y(10)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(10)/PGTKmR104)+(y(36)/PGTKmR104)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(44)/PGTKmR108)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | %
| |
− | R105(PGT)
| |
− | % PGJ2
| |
− | y(9)<-> exPGJ2 y(37)
| |
− | r105=
| |
− | PGT*PGTKcat*((y(9)/PGTKmR105)*(1-((y(37)/(y(9)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(9)/PGTKmR105)+(y(37)/PGTKmR105)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(44)/PGTKmR108)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | % R106
| |
− | (PGT)
| |
− | %
| |
− | TXB2 y(7)<-> exTXB2 y(24)
| |
− | r106=
| |
− | PGT*PGTKcat*((y(7)/PGTKmR106)*(1-((y(24)/(y(7)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(7)/PGTKmR106)+(y(24)/PGTKmR106)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(44)/PGTKmR108)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | % R107
| |
− | (PGT)
| |
− | %
| |
− | 13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 y(46)
| |
− | <-> ex13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 y(47)
| |
− | r107= PGT*PGTKcat*((y(46)/PGTKmR107)*(1-((y(47)/(y(46)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(46)/PGTKmR107)+(y(47)/PGTKmR107)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(44)/PGTKmR108)));
| |
− |
| |
− | % R108
| |
− | (PGT)
| |
− | %
| |
− | 15-KETO-PGE2 y(44) <-> ex15-KETO-PGE2 y(45)
| |
− | r108=
| |
− | PGT*PGTKcat*((y(44)/PGTKmR108)*(1-((y(45)/(y(44)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(44)/PGTKmR108)+(y(45)/PGTKmR108)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | % R109
| |
− | (PGT)
| |
− | %
| |
− | 6-KETO-PGF1A y(8)<-> ex6-KETO-PGF1A y(25)
| |
− | r109=
| |
− | PGT*PGTKcat*((y(8)/PGTKmR109)*(1-((y(25)/(y(8)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(8)/PGTKmR109)+(y(25)/PGTKmR109)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(44)/PGTKmR108)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | % R110
| |
− | (PGT)
| |
− | % TXA2
| |
− | y(5)<-> exTXA2 y(33)
| |
− | r110= PGT*PGTKcat*((y(5)/PGTKmR110)*(1-((y(33)/(y(5)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(5)/PGTKmR110)+(y(33)/PGTKmR110)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(11)/PGTKmR111)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(44)/PGTKmR108)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | % R111
| |
− | (PGT)
| |
− | %
| |
− | 15-DEOXY-PGJ2 y(11)<-> ex15-DEOXY-PGJ2 y(27)
| |
− | r111=
| |
− | PGT*PGTKcat*((y(11)/PGTKmR111)*(1-((y(27)/(y(11)*exp((((-0.5*(ABCdG+(R*TEMP*log(ATP/ADP))))))/(R*TEMP))))))/(1+(y(11)/PGTKmR111)+(y(27)/PGTKmR111)+(y(4)/PGTKmR101)+(y(7)/PGTKmR106)+(y(8)/PGTKmR109)+(y(12)/PGTKmR102)+(y(5)/PGTKmR110)+(y(6)/PGTKmR103)+(y(10)/PGTKmR104)+(y(9)/PGTKmR105)+(y(44)/PGTKmR108)+(y(46)/PGTKmR107)));
| |
− |
| |
− | % COX2
| |
− | Induction event
| |
− | % ->
| |
− | COX2 (y(48)
| |
− | r112= (c3/COX2DT)-((c4*log(2)*y(48))/COX2HL);
| |
− |
| |
− | %%
| |
− | Section 5: ODE
| |
− |
| |
− | %BAA
| |
− | y(1)
| |
− | %dydt(1)=r100-r1;
| |
− |
| |
− | %AA y(2)
| |
− | %dydt(2)=r95+r1-r2-r11-r17-r19-r42-r65-r92-r100;
| |
− |
| |
− | %PGH2
| |
− | y(3)
| |
− | %dydt(3)=r2+r65-r3-r4-r5-r10-r21-r81-r34;
| |
− |
| |
− | %PGF2A
| |
− | y(4)
| |
− | %dydt(4)=r3-r22-r72-r101;
| |
− |
| |
− | %TXA2
| |
− | y(5)
| |
− | %dydt(5)=r4-r6-r32-r74-r110;
| |
− |
| |
− | %PGI2
| |
− | y(6)
| |
− | %dydt(6)=r5-r7-r33-r76-r103;
| |
− |
| |
− | %TXB2
| |
− | y(7)
| |
− | %dydt(7)=r6-r106-r73-r23;
| |
− |
| |
− |
| |
− | %6-KETO-PGF1A
| |
− | y(8)
| |
− | %dydt(8)=r7-r24-r75-r109;
| |
− |
| |
− |
| |
− | %PGJ2
| |
− | y(9)
| |
− | %dydt(9)=r8-r9-r36-r79-r105;
| |
− |
| |
− | %PGD2 =
| |
− | y(10)
| |
− | %dydt(10)=r21-r8-r35-r80-r104;
| |
− |
| |
− |
| |
− | %15-DEOXY-PGJ2
| |
− | = y(11)
| |
− | %dydt(11)=r9-r26-r78-r111;
| |
− |
| |
− |
| |
− | %PGE2 =
| |
− | y(12)
| |
− | %dydt(12)=r10-r25-r66-r77-r102;
| |
− |
| |
− | %5-HPETE
| |
− | %dydt(13)=r11-r12-r13-r39-r87;
| |
− |
| |
− | %5-HETE
| |
− | =y(14)
| |
− | %dydt(14)=r12-r14-r40-r83;
| |
− |
| |
− | %LTA4 =
| |
− | y(15)
| |
− | %dydt(15)=r13-r15-r16-r41-r86;
| |
− |
| |
− | %5-OXO-ETE = y(16)
| |
− | %dydt(16)=r14-r27-r82;
| |
− |
| |
− | %LTB4 =
| |
− | y(17)
| |
− | %dydt(17)=r15-r29-r84;
| |
− |
| |
− | %LTC4 = y(18)
| |
− | %dydt(18)=r16-r30-r85;
| |
− |
| |
− | %15-HPETE = y(19)
| |
− | %dydt(19)=r17-r18-r38-r89;
| |
− |
| |
− | %15-HETE
| |
− | = y(20)
| |
− | %dydt(20)=r18-r28-r88;
| |
− |
| |
− |
| |
− | %12-HPETE
| |
− | = y(21)
| |
− | %dydt(21)=r19-r20-r37-r91;
| |
− |
| |
− | %12-HETE
| |
− | = y(22)
| |
− | %dydt(22)=r20-r31-r90;
| |
− |
| |
− | %exPGF2A = y(23)
| |
− | %dydt(23)=r22+r101-r44;
| |
− |
| |
− | %exTXB2
| |
− | = y(24)
| |
− | %dydt(24)=r23+r106-r45+r96;
| |
− |
| |
− | %ex6-KETO-PGF1A
| |
− | = y(25)
| |
− | %dydt(25)=r24+r109-r47+r97;
| |
− |
| |
− | %exPGE2
| |
− | = y(26)
| |
− | %dydt(26)=r25+r102-r49;
| |
− |
| |
− | %ex15-DEOXY-PGJ2
| |
− | = y(27)
| |
− | %dydt(27)=r26+r111-r50+r99;
| |
− |
| |
− |
| |
− | %ex5-OXO-ETE
| |
− | = y(28)
| |
− | %dydt(28)=r27-r54;
| |
− |
| |
− | %ex15-HETE
| |
− | =y(29)
| |
− | %dydt(29)=r28-r60;
| |
− |
| |
− | %exLTB4
| |
− | = y(30)
| |
− | %dydt(30)=r29-r56;
| |
− |
| |
− | %exLTC4
| |
− | = y(31)
| |
− | %dydt(31)=r30-r57;
| |
− |
| |
− | %exHETE12
| |
− | = y(32)
| |
− | %dydt(32)=r31-r62;
| |
− |
| |
− | %exTXA2
| |
− | = y(33)
| |
− | %dydt(33)=r32+r110-r46-r96;
| |
− |
| |
− | %exPGI2
| |
− | = y(34)
| |
− | %dydt(34)=r33+r103-r48-r97;
| |
− |
| |
− | %exPGH2
| |
− | = y(35)
| |
− | %dydt(35)=-r53;
| |
− |
| |
− | %exPGD2
| |
− | = y(36)
| |
− | %dydt(36)=r35+r104-r52-r98;
| |
− |
| |
− | %exPGJ2
| |
− | = y(37)
| |
− | %dydt(37)=r36+r105-r51+r98-r99;
| |
− |
| |
− | %ex12-HPETE
| |
− | = y(38)
| |
− | %dydt(38)=r37-r63;
| |
− |
| |
− | %ex15-HPETE
| |
− | = y(39)
| |
− | %dydt(39)=r38-r61;
| |
− |
| |
− | %ex5-HPETE
| |
− | = y(40)
| |
− | %dydt(40)=r39-r59;
| |
− |
| |
− | %ex5-HETE
| |
− | = y(41)
| |
− | %dydt(41)=r40-r55;
| |
− |
| |
− | %exLTA4
| |
− | = y(42)
| |
− | %dydt(42)=r41-r58;
| |
− |
| |
− | %exAA =
| |
− | y(43)
| |
− | %dydt(43)=-r64;
| |
− |
| |
− | %15-KETO-PGE2
| |
− | = y(44)
| |
− | %dydt(44)=r66-r67-r69-r94-r108;
| |
− |
| |
− | %ex15-KETO-PGE2
| |
− | = y(45)
| |
− | %dydt(45)=r67+r108-r68;
| |
− |
| |
− | %13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2
| |
− | = y(46)
| |
− | %dydt(46)=r69-r70-r93-r107;
| |
− |
| |
− | %ex13,14-DIHYDRO-15-KETO-PGE2 = y(47)
| |
− | %dydt(47)=r70+r107-r71;
| |
− |
| |
− | % COX2 =
| |
− | y(48)
| |
− | %dydt(48)=r112-r2;
| |
− |
| |
− | %
| |
− | Mischellanous species = y(49)
| |
− | %dydt(49)=r44+r45+r46+r47+r48+r49+r50+r51+r52+r53+r54+r55+r56+r57+r58+r59+r60+r61+r62+r63+r64+r68+r71+r72+r73+r74+r75+r76+r77+r78+r79+r80+r81+r82+r83+r84+r85+r86+r87+r88+r89+r90+r91+r92
| |
− |
| |
− | dydt=[r100-r1;r95+r1-r2-r11-r17-r19-r42-r65-r92-r100;r2+r65-r3-r4-r5-r10-r21-r81-r34;r3-r22-r72-r101;r4-r6-r32-r74-r110;r5-r7-r33-r76-r103;r6-r23-r73-r106;r7-r24-r75-r109;r8-r9-r36-r79-r105;r21-r8-r35-r80-r104;r9-r26-r78-r111;r10-r25-r66-r77;r11-r12-r13-r39-r87;r12-r14-r40-r83;r13-r15-r16-r41-r86;r14-r27-r82;r15-r29-r84;r16-r30-r85;r17-r18-r38-r89;r18-r28-r88;r19-r20-r37-r91;r20-r31-r90;r22+r101-r44;r23+r106-r45+r96;r24+r109-r47+r97;r25+r102-r49;r26+r111-r50+r99;r27-r54;r28-r60;r29-r56;r30-r57;r31-r62;r32+r110-r46-r96;r33+r103-r48-r97;r34-r53;r35+r104-r52-r98;r36+r105-r51+r98-r99;r37-r63;r38-r61;r39-r59;r40-r55;r41-r58;r42-r64;r66-r67-r69-r94-r108;r67+r108-r68;r69-r70-r93-r107;r70+r107-r71;
| |
− | r112-r2; r44+r45+r46+r47+r48+r49+r50+r51+r52+r53+r54+r55+r56+r57+r58+r59+r60+r61+r62+r63+r64+r68+r71+r72+r73+r74+r75+r76+r77+r78+r79+r80+r81+r82+r83+r84+r85+r86+r87+r88+r89+r90+r91+r92];
| |
− | end
| |
− | |}
| |